Японские историки указывают, что как особое искусство ниндзютсу  сложилось не ранее конца XV в. Что оно собой представляло в период своего расцвета лучше всего показывает  знаменитая «энциклопедия» XVII в. по ниндзютсу  «Бансэнсюкай».

Автор этой книги дзёнин организации ниндзя из Ига Фудзибаяси Ясутакэ разделяет шпионское искусство на 2 основных раздела: Ёнин («Светлое нин-дзюцу») и Иннин («Темное нин-дзюцу»).

Ёнин – методы организации шпионских сетей, анализ полученной информации, разработка стратегических планов. Это уровень стратегов: политиков, главнокомандующих армий и руководителей шпионской организации  - дзёнинов.

 Иннин - способы добывания секретной информации: проникновение на вражескую территорию, способы обмана стражи, приемы подслушивания и подсматривания, уход от погони и многое другое.
Подготовка ниндзя включала в себя вспомогательные навыки: хэнсо-дзюцу (методы переодевания), мономанэ-но дзюцу («искусство подражания» голосам и звукам), суйэй-дзюцу (плавание), хаягакэ-но дзюцу (скоростной марафонский бег) и т.д.
   Для эффективного выполнения заданий ниндзя использовали специальные инструменты (нинки, нингу): приспособления для подъема на стены, разнообразные плавсредства, воровской инструмент.
   Несколько особняком стоит применение зажигательных смесей, взрывчатки и огнестрельного оружия –ка-дзюцу, которому в «Бансэнсюкай» посвящен отдельный том.
    «Бансэнсюкай» не описывает никаких приемов рукопашного боя:  ниндзютсу как искусство шпионажа использует другие методы.

  

   В литературе по ниндзютсу творится совершенная неразбериха в значении термина «школа ниндзютсу». Видимо, определенную роль имеет русское значение слова «школа».

 

   Итак, русским термином «школа ниндзютсу» в текстах зачастую обозначают:
   1) единую техническую традицию – например, школы рисования, школы танцев и т.д. – японский термин «рю»;

   2) место для тренировок в воинском искусстве, японский термин – додзё;
   3) тайную организацию, занимающуюся шпионажем и располагающую агентурной сетью, японский термин – «химицу сосики» – «тайная организация»;
   4) семью или клан, занимающуюся шпионажем и культивирующую рю ниндзютсу (японский термин – «нинкэ» – «семья ниндзя»).
   Очевидно, что ни рю, ни додзё в исторических событиях участвовать не могут, ибо первое есть чистое знание, а второе – строение, поэтому использовать термин «школа» для обозначения «секретной организации» или «семьи, практикующей ниндзютсу» некорректно.
   Важно также отметить, что между нинкэ и химицу сосики знак равенства поставить нельзя, так как несколько семей, практикующих ниндзютсу (нинкэ), могли входить в одну и ту же секретную организацию, в то время как  секретные организации могли создаваться японскими князьями-даймё из своих собственных самураев без привлечения членов нинкэ.
 

Лазутчики из небожителей
 

   Уже в древности предпринимались попытки отыскать корни ниндзютсу в мифологии. К тому же, если внимательно познакомиться с мифами «Кодзики» и «Нихонги», при наличии фантазии некоторые деяния богов можно истолковать как прообраз разведывательно-шпионских операций. В «Кодзики» и «Нихонги» рассказывается, как Таками Мусуби-но Ками, один из главных богов японского пантеона, посылал богов низшего ранга во враждебную землю Идзумо для разведки обстановки и усмирения тамошних обитателей.
   В качестве таких «разведчиков» в «Кодзики» и «Нихонги» упомянуто несколько богов, в том числе и покровители воинских искусств Такэмикадзути-но микото и Фуцунуси-но микото. Интересно, что с крупными центрами почитания этих богов, храмами Касима-дзингу и Катори-дзингу связаны две крупнейшие школы японского боевого искусства: Касима Синто-рю и Катори Синто-рю, каждая из которых включает в свою программу детально разработанную систему шпионажа и разведки – синоби-но дзюцу.
   Этот миф о Така-ми Мусуби-но Ками был очень популярен среди «невидимок» из Ига, которые стали почитать этого бога прародителем ниндзютсу.
   Ниндзя из Кога тоже искали истоки своего искусства в древней мифологии. Но, по сообщению 14 патриарха Кога-рю Вада-ха Фудзиты Сэйко, признали родоначальником ниндзютсу другого важного бога японского пантеона – Сусаноо-но микото.
   Согласно «Кодзики», во время своих странствий Сусаноо-но микото повстречал старика со старухой и молодую девушку по имени Кусинада-химэ, которые сидели и плакали. Сусаноо поинтересовался, в чем причина их горя, и старик ему отвечал: «Моих дочерей… Ямато-но ороти – Змей-страшилище Восьмихвостый-Восьмиголо-вый из Коси, каждый год являясь, проглатывает. Ныне время, когда он должен явиться…»
   Тогда Сусаноо-но микото вызвался помочь несчастному семейству, но в награду потребовал Кусинаду-химэ в жены. Получив согласие родителей, он превратил девушку в гребень и спрятал его в своей косичке, а старику со старухой приказал: «Вы восьмижды очищенное сакэ сварите, а еще кругом ограду возведите, в той ограде восемь ворот откройте, у каждых ворот помост сплетите, на каждый тот помост бочонок для саке поместите, в каждый бочонок того восьмижды очищенного сакэ полным-полно налейте и ждите!»
   Они приготовили все к приходу страшного змея Ямата-но ороти, как и приказал бог. Завидев такое изобилие прекрасного саке, змей сунул по голове в каждый бочонок и выпил водку до дна, и заснул. Тогда Сусаноо-но микото убил его.
   На первый взгляд ничего «ниндзевского» в этом эпизоде нет. Но, если вдуматься, здесь скрыты две важнейшие идеи, которые легли в основу ниндзютсу. Во-первых, идея одоления большей силы хитростью. А во-вторых, идея слияния с естественным окружением и использования для маскировки обычных неприметных вещей, чтобы скрыться от сил зла.